A kegyelem a büntetőjogban a méltányosság megnyilvánulása, és büntethetőséget megszüntető okként, a büntetés végrehajtását kizáró okként, illetve a büntetett előéletből fakadó hátrányok alóli mentesítés kapcsán jelenik meg. A büntetőeljárás szakaszait tekintve tehát a kegyelemnek három típusa van: az eljárási, a végrehajtási és a mentesítési kegyelem. Az érintettek körét illetően az Alkotmány az Országgyűlés által gyakorolható közkegyelmet és a köztársasági elnök döntési jogkörébe tartozó egyéni kegyelmet különbözteti meg.

A közkegyelmet (amnesztiát), mely a büntetőeljárás alatt állók, az elítéltek, illetve a bűncselekmények meghatározott csoportjára, szélesebb körére vonatkozik, az Országgyűlés törvény útján gyakorolja. A közkegyelmet gyakran az ún. „politikai elítélteknek” adják, és általában csak a csekélyebb súlyú szándékos, illetve a gondatlan bűncselekményekre terjed ki.

A köztársasági elnöki (egyéni) kegyelemi eljárást részletesen szabályozza a büntetőeljárásról szóló 1998. évi XIX. törvény (Be.). Eljárási kegyelemre a büntetőeljárás jogerős befejezéséig van mód, ez azonban a gyakorlatban rendkívül ritkán fordul elő. Az eljárás megszüntetésére irányuló kérelmet az ügyben eljáró hatóságnál (ügyészségnél, illetve a vádirat benyújtását követően bíróságnál) lehet benyújtani.

Ennél jóval gyakoribb a végrehajtási kegyelem, melynél a kérelmet az ítélet jogerőre emelkedését követően a fő- és mellékbüntetés, a próbára bocsátás és a javítóintézeti nevelés elengedésére vagy mérséklésére az első fokon eljárt bíróságnál lehet benyújtani. Egyéb intézkedés (pl. kényszergyógykezelés, vagyonelkobzás) elengedésére vagy mérséklésére, valamint a már teljes egészében végrehajtott büntetés vagy intézkedés utólagos elengedésére  nincs mód.

A kegyelmi mentesítés a büntetett előélethez fűződő hátrányok megszüntetését jelenti, melyre akkor is sor kerülhet, ha a törvény erejénél fogva beálló, illetve a bírósági mentesítés feltételei nem állnak fenn. A kérelmet itt is az ítélet jogerőre emelkedése után, az első fokú bíróságnál lehet benyújtani. A végrehajtási kegyelem megadása önmagában nem eredményez kegyelmi mentesítést is, hanem csak akkor, ha erre nézve a köztársasági elnök kegyelmi elhatározása külön kitér. Ilyen külön rendelkezés hiányában a végrehajtási kegyelem ellenére a büntetőjogi következmények az eredeti ítélethez igazodnak.

A fentiekből látható, hogy a kegyelmi kérvényeket nem közvetlenül a Köztársasági Elnöki Hivatalnál kell benyújtani. Ha valaki ennek ellenére a Hivatalnál indítja meg az eljárást, az nem jelenti a kérelem automatikus elutasítását, de meghosszabbítja az elbírálás idejét, mivel a Hivatal ilyenkor továbbítja a kérelmet annak az ügyészségnek vagy bíróságnak, amelynél azt eredetileg be kellett volna nyújtani.

A kérelem benyújtására a terhelt, a védője, a fiatalkorú törvényes képviselője, valamint a terhelt hozzátartozója jogosult. Ha a kérelmet a terhelt vagy védője nyújtja be, akkor a kegyelmi eljárás illetékmentes.

A kegyelmi kérelemnek az eljárás folytatására halasztó hatálya nincs. Végrehajtási kegyelemre irányuló kérelem esetén azonban az igazságügyért felelős miniszter elrendelheti a büntetés vagy az intézkedés végrehajtásának a köztársasági elnök döntéséig való elhalasztását, illetve félbeszakítását.

Kegyelmi döntés iránt előterjesztést eljárási kegyelmi kérelem esetén a vádirat benyújtásáig a legfőbb ügyész, minden egyéb esetben pedig az igazságügyért felelős miniszter tehet a köztársasági elnök részére. Az előterjesztésre akár hivatalból, akár kérelemre sor kerülhet. A legfőbb ügyésznek, illetve a miniszternek a kérelmek kapcsán nincsen „szűrő funkciója”: a kérelmet akkor is kötelesek felterjeszteni, ha azt nem támogatják, vagyis nem tesznek előterjesztést.

Az államfő az elbírálás során nincs kötve semmilyen feltételhez, és kegyelmi határozatát nem köteles és nem is szokta indokolni. Annyit azonban tudni lehet, hogy általában súlyos egészségügyi problémák, családi okok (pl. tartásra szoruló hozzátartozók), jogszabályváltozások, az elkövetett bűncselekmény csekélyebb súlya, illetve a társadalom részéről tapasztalható nyomás szolgálnak a kedvező döntés alapjául.

Az elnöki határozat csak akkor válik érvényessé, ha azt az igazságügyért felelős miniszter utólag ellenjegyzi.